为了贯彻落实教育部《面向21世纪教育振兴行动计划》和市教委、市财政局《关于实施北京高等学校科学技术与研究生教育创新工程的意见》，加强高层次创新人才的培养，提高研究生教育特别是博士生教育的质量，为建设创新型国家和创新型城市做出贡献，北京市教委决定从2008年开始开展北京市优秀博士学位论文评选工作，旨在逐步建立有效的质量监督和激励机制，推动研究生教育工作重点切实转移到提高培养质量上来，并以此为导向，培养和激励在学博士生的创新精神，促进高层次创新性人才脱颖而出，为实现研究生教育大国向研究生教育强国的转变而努力。
北京市优秀博士论文评选工作的指导思想是：高举中国特色社会主义伟大旗帜，以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，坚持“加强建设，积极发展，深化改革，注重创新，规范管理，提高质量”的总体工作方针，积极探索新形势下研究生教育规律，以提高研究生创新意识、创新能力为核心，深化研究生培养制度改革，培养出优秀创新拔尖人才，为北京经济建设和社会发展，及实现全面建设小康社会的目标做出积极贡献。
北京市优秀博士学位论文评选工作自2008年开始，每年进行一次，每次评选出50篇，参评单位为具有博士学位授权的北京市普通高校、中央党校及军队高校（军事学科除外）、科研机构等。参加评选的学位论文，一般为评选年份上一学年度的博士学位论文。原则上不接受博士学位论文答辩前已获得正高级职称的作者所撰写的论文。我校已获得两篇北京市优秀博士学位论文，分别为植物学科1篇（2008年）、林产化学加工工程学科1篇（2009年）。
由市教委批准并公布北京市优秀博士学位论文名单，颁发荣誉证书，并设立专项资金支持北京市优秀博士学位论文获得者的导师开展新的科学研究，在北京地区高校工作的优秀博士学位论文获得者，可优先获得北京高等学校科学技术与研究生教育创新工程中有关建设项目的资助。
